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同期，丙类传染病中丝虫病无发病、死亡报告，其余10种传染病共报告发病254282例，死亡12人。报告发病数居前3位的病种依次为手足口病、其他感染性腹泻病和流行性腮腺炎，占丙类传染病报告病例总数的94％。
| 2016年9月全国法定传染病发病、死亡统计表 | ||
| 病名 | 发病数 | 死亡数** |
| 甲乙丙类总计 | 536494 | 1512 |
| 甲乙类传染病合计 | 282212 | 1500 |
| 鼠疫 | 0 | 0 |
| 霍乱 | 6 | 0 |
| 传染性非典型肺炎 | 0 | 0 |
| 艾滋病 | 4877 | 1181 |
| 病毒性肝炎* | 111326 | 50 |
| 甲型肝炎 | 1695 | 0 |
| 乙型肝炎 | 87390 | 41 |
| 丙型肝炎 | 18029 | 6 |
| 丁型肝炎 | 41 | 0 |
| 戊型肝炎 | 2031 | 2 |
| 未分型肝炎 | 2140 | 1 |
| 脊髓灰质炎 | 0 | 0 |
| 人感染高致病性禽流感 | 0 | 0 |
| 麻疹 | 414 | 0 |
| 流行性出血热 | 394 | 2 |
| 狂犬病 | 76 | 62 |
| 流行性乙型脑炎 | 459 | 15 |
| 登革热 | 632 | 0 |
| 炭疽 | 58 | 0 |
| 细菌性和阿米巴性痢疾 | 14607 | 0 |
| 肺结核 | 89342 | 176 |
| 伤寒和副伤寒 | 1190 | 1 |
| 流行性脑脊髓膜炎 | 3 | 0 |
| 百日咳 | 545 | 0 |
| 白喉 | 0 | 0 |
| 新生儿破伤风 | 19 | 0 |
| 猩红热 | 2624 | 0 |
| 布鲁氏菌病 | 3408 | 1 |
| 淋病 | 10625 | 0 |
| 梅毒 | 40286 | 9 |
| 钩端螺旋体病 | 65 | 0 |
| 血吸虫病 | 1034 | 0 |
| 疟疾 | 222 | 2 |
| 人感染H7N9禽流感 | 0 | 1 |
| 丙类传染病合计 | 254282 | 12 |
| 流行性感冒 | 11212 | 0 |
| 流行性腮腺炎 | 12829 | 0 |
| 风疹 | 124 | 0 |
| 急性出血性结膜炎 | 3044 | 0 |
| 麻风病 | 41 | 0 |
| 斑疹伤寒 | 118 | 1 |
| 黑热病 | 16 | 0 |
| 包虫病 | 419 | 0 |
| 丝虫病 | 0 | 0 |
| 其他感染性腹泻病 | 91507 | 2 |
| 手足口病 | 134972 | 9 |
来源：卫计委
